結論
手動で設定します。
方法
「設定」→「拡張機能」→「Git」とたどっていくと、「Git: Path」の設定項目があります。そこにある settings.json で編集 をクリックし、設定ファイルを直接編集します*1。
settings.json に "git.path" をキーとした設定項目を追加すれば OK です。git コマンドの場所は which git などをして確認をします。
補足
Git Lens 拡張機能の仕様が変わった？ので、突然見つからなくなったような気もしますが、確かではありません。
*1:VS Code 上からたどっていかなくても、直接 settings.json を開いても大丈夫です
