結論
ワイルドカードが含まれている場合はクォートでくくりましょう。
具体例
例えば、以下のような書き方だとエラーになります。
"scripts": { "hoge": "yarn clean && run-s -c hoge:*",
ワイルドカードが含まれる場合は以下のようにクォートでくくります。
"scripts": { "hoge": "yarn clean && run-s -c \"hoge:*\"",
補足
シングルクォートでくくるかダブルクォートでくくるかですが、エスケープする手間と可読性を考えるとシングルクォートの方がいい気がします。