結論
1. （念のため）アクセスがない状況にする
サーバを落としたり、Docker で起動しているならばコンテナを止めます。
2. ファイルがあるディレクトリに移動
data/ユーザー名/files に移動します。
3. 該当ファイルやフォルダを削除する
「2.」のディレクトリにある、消したいファイルやフォルダを削除します。おそらく root の権限が必要になります。
4. アクセスできる状態に戻す
サーバを再起動したり、Docker ならばコンテナを作り直します。
5. 削除されていることを確認する
削除されていることが確認できれば OK です。
