結論

GUI からは（現時点では）無理
- User Summary というメニュー項目がありますが、これはユーザとグループを閲覧できるだけです
realm.properties というファイルを編集する必要がある
realm.properties の場所は、オンプレ*1とDockerで異なり、それぞれの場所は以下のとおり
- オンプレ
  - /etc/rundeck/realm.properties
- Docker
  - /home/rundeck/server/config/realm.properties
パスワードを暗号化（ハッシュ化）する場合は別途作業が必要
- 暗号化（ハッシュ化）された値を取得することは GUI から可能（別記事参照）
ユーザの権限を設定することは GUI から可能（別記事参照）

具体例

たとえば、yamada さんのパスワードを fugafuga にして、所属グループを foo と bar にする場合は以下のように書き加えます。ただしこれはパスワードを平文で書く場合です。

yamada: fugafuga,foo,bar

Docker での realm.properties について（ユーザの追加や削除について）

Docker で Rundeck を起動した場合は（現時点では）ユーザの追加や削除をするためには /home/rundeck/server/config/realm.properties を直接編集するしかありません*2。しかしながらコンテナに入っても vim も emacs も nano もないためにすぐに編集することができません。

となると Volumes で共有するか、となるわけですが、パーミッションの関係上、「コンテナ作成のときに」共有をしようとしても当該ファイルが共有されません*3。

なので、一度共有なしでコンテナを立ち上げて、共有するファイルを $ docker cp CONTAINER_ID:/CONTAINER/NO/FILE /HOST/NO/FILE のようにして手元にもってきて、そのファイルを次に新規にコンテナを立ち上げるときにホスト側から共有する、とすれば大丈夫です。

あるいはホスト側に realm.properties を用意しておいて、$ docker cp /HOST/NO/realm.properties CONTAINER_ID:/home/rundeck/server/config/realm.properties のようにしてコンテナ側にコピーしてもよいかと思います。もちろんその場合はコンテナ内のどの場所に realm.properties を置くかを予め把握しておく必要があります*4。

これらはどう考えてもイケてないと思うんですが、Docker の構造上、こうするしかないと思ってます*5。

また、realm.properties を編集したあとは再起動が必要になります。

ちなみに、Docker 運用において共有するディレクトリは、公式ドキュメントによると、-v /home/protip/.ssh:/home/rundeck/.ssh や -v data:/home/rundeck/server/data rundeck/rundeck などがよくあるプラクティスのようです。