結論

設定ファイルの profiles 配下の defaults または list 配下の内容に "useAcrylic": true と "acrylicOpacity": 0.7 を追加する。

具体例

例えば、Ubuntu 20.04 のウィンドウに対して、透過度を 0.5 とするように設定します。そのときの設定ファイルの内容は次のとおりです。

// This file was initially generated by Windows Terminal 1.4.3243.0
// It should still be usable in newer versions, but newer versions might have additional
// settings, help text, or changes that you will not see unless you clear this file
// and let us generate a new one for you.

（中略）

{
    （中略）

    // A profile specifies a command to execute paired with information about how it should look and feel.
    // Each one of them will appear in the 'New Tab' dropdown,
    //   and can be invoked from the commandline with `wt.exe -p xxx`
    // To learn more about profiles, visit https://aka.ms/terminal-profile-settings
    "profiles":
    {
        "defaults":
        {
        },
        "list":
        [
            {
                （中略）

                "useAcrylic": true,
                "acrylicOpacity": 0.5

                （中略）
            },
    （後略）