git rm をした後にそのファイルを .gitignore に記載して、その後にそのブランチを他のブランチにマージするとそのファイルが消える（ことがある）

結論

順番に考えると分かるかと思いますが、そのようになることがあります。

補足

練り込まれた .env が消えると悲しいものがありますので、git rm 時にはこのことが起きる可能性を意識しておくのがいいのでしょう。