結論
巨大な Rails プロジェクトを開くと、VS Code の Ruby 拡張機能 によりコードのインデックシングが始まります。インデックシングの最中は以下のメッセージがステータスバーに表示されます。
Indexing Ruby source files
このとき、CPU負荷率が急激に高まり*1、OS上であらゆる操作が「重く」なります。
対応
巨大な Rails プロジェクトを扱う際は、予めバックグラウンドで開いておいたほうがよいでしょう。一度開いておけばインデックシングが初めから走りません。
*1:80%超