結論
つまり、いろいろと設定を変更しても /var/www/html 配下のファイルが表示され続けるときは、どこかの設定がおかしいということになります。
経緯
/etc/apache2/sites-available 配下に設定ファイルの foobar.conf を頑張って書いて、Apache2 を再起動しても設定が反映されませんでした。それでよくよく調べてみると、apache.conf の中で /etc/apache2/sites-available を include していなかったため、当該ファイルが読み込まれていませんでした*1。
それに気づくまで、何度ページをリロードしてもいつもの Apache2 Ubuntu Default Page が出てきたので、いろいろ調べてみたところ標題の内容に気づいたのでした。
感想
小一時間ハマってしまって本当に悲しいです。
*1:デフォルトでは /etc/apache2/sites-enabled/*.conf のみが include される
