gh secret set コマンドを submodule 内で実行すると submodule のリポジトリに登録されてしまうので注意

結論

標題のとおりです*1。

具体例

REPO/sub 配下が submodule だとして、たとえば以下のように gh secret set したとします。

$ cd sub
$ gh secret set HOGE< fuga.txt
✓ Set Actions secret HOGE for username/sub 

以上のように submodule の方のリポジトリに登録されてしまいます。

正しく登録するには以下のようにします。cd してはいけません。

$ gh secret set HOGE< sub/fuga.txt
✓ Set Actions secret HOGE for username/REPO

*1:あたりまえのことなのですが小一時間ハマりました