結論

二つの方法があります。実質的には、どちらも同じことです。以下、rbenv の場合を例として書きます。

1つ目の方法. `RBENV_VERSION` を設定した上で、ruby を実行する

具体例を見るとすぐに分かると思います。

$ ruby -v
ruby 2.7.0p0 (2019-12-25 revision 647ee6f091) [x86_64-darwin19]
$ RBENV_VERSION=2.6.5 ruby -v
ruby 2.6.5p114 (2019-10-01 revision 67812) [x86_64-darwin18]

2つ目の方法. `rbenv shell` というコマンドを実行した上で、ruby を実行する（実行し終わったら --unset する）

これも具体例を見るとすぐに分かると思います。

$ ruby -v
ruby 2.7.0p0 (2019-12-25 revision 647ee6f091) [x86_64-darwin19]
$ rbenv shell 2.6.5
$ ruby -v
ruby 2.6.5p114 (2019-10-01 revision 67812) [x86_64-darwin18]
$ rbenv shell --unset
$ ruby -v
ruby 2.7.0p0 (2019-12-25 revision 647ee6f091) [x86_64-darwin19]

当該シェルを抜ければ rbenv shell で指定した値は無効になるので、--unset は必ずしも実行しなければいけないというわけではないです。