Ubuntu 16.04 LTS の Apache 2 でデフォルトの文字コードを変更する（UTF-8にする）

結論

/etc/apache2/conf-available/charset.confの中身を編集してAddDefaultCharset UTF-8を有効にする。

補足

2017年の今、この設定は真っ先にやっておいて良いと思います。