結論
$ direnv exec 実行ディレクトリ名 実行コマンド という書式を用いて実行する。
具体例
/path/to/.envrc があるとします。その .envrc に以下のように記述されていたとします。
export FOO=BAR
このとき、cron（など）で以下のように実行すると .envrc の内容を読んでくれます。
$ direnv exec /path/to echo $FOO direnv: loading /path/to/.envrc BAR
$ direnv exec 実行ディレクトリ名 実行コマンド という書式を用いて実行する。
/path/to/.envrc があるとします。その .envrc に以下のように記述されていたとします。
export FOO=BAR
このとき、cron（など）で以下のように実行すると .envrc の内容を読んでくれます。
$ direnv exec /path/to echo $FOO direnv: loading /path/to/.envrc BAR