結論

以下のようなバッチファイルを書いて実行します。-u オプションの引数はユーザー名です。

wsl.exe -u foobar -- sleep 60
wsl.exe -u hogehoge -- ls -la

注意点

自動化に用いた場合には対話プロンプトが混じらないように工夫しましょう。