結論
--project
オプションを用いる。
具体例
$ clasp push --project .clasp.foobar.json
注意点
ファイル名がドットから始まらないと怒られます。
$ clasp push --project aaaa.clasp.json Project file must start with a dot (i.e. .clasp.json)
.clasp.env01.json
.clasp.env02.json
みたいな形を想定しているのでしょう。