結論
まず /dev/sdX をアンマウントします。
$ sudo umount /dev/sdX
アンマウントしたデバイスを openmediavault は自動で再マウントしようとするので、再マウントされる前に mkfs コマンドを以下のように実行します。
$ sudo mkfs.ext4 /dev/sdX
mke2fs 1.43.4 (31-Jan-2017)
Found a gpt partition table in /dev/sdX
Proceed anyway? (y,N) y
Creating filesystem with 732566646 4k blocks and 183148544 inodes
Filesystem UUID: c9064832-c4e5-411b-b5e7-079f44b8b65d
Superblock backups stored on blocks:
32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208,
4096000, 7962624, 11239424, 20480000, 23887872, 71663616, 78675968,
102400000, 214990848, 512000000, 550731776, 644972544
Allocating group tables: done
Writing inode tables: done
Creating journal (262144 blocks):
done
Writing superblocks and filesystem accounting information:
done
失敗例
再マウントされてから*1 mkfs コマンドを実行すると次のようにエラーになります。
$ sudo mkfs.ext4 /dev/sdX mke2fs 1.43.4 (31-Jan-2017) Found a gpt partition table in /dev/sdX Proceed anyway? (y,N) y /dev/sdX is mounted; will not make a filesystem here!
それでもだめな場合
ストレージ -> ファイルシステム から 慎重に 使用していないデバイス、またはいままさにフォーマットするデバイス（残っていた場合）を削除する。なお、削除した後の「更新」には時間がかかります。
根本的な原因は、デバイス全てを含めてリセットする必要がある時に、他の何かしらのデバイスが使用中であるときかと思います。問題がないのならば全部の使用しているデバイスを中止して、「更新」「再起動」をすれば問題ないかと思います。
*1:あるいはアンマウントする前に
