「さくらインターネット」の「レンタルサーバ」でPEARをインストールする方法です。スタンダードプラン以上用かと思います。
1. 修正版のgo-pear.phpをダウンロードしサーバに置く
以下のページより（感謝！）go-pear.phpをダウンロードし、/wwwのルートに置きましょう。パーミッションは755で。
2. php.iniにタイムゾーン情報を追記する
「サーバコントロールパネル」から「PHP設定の編集」を選び、php.iniに「date.timezone = "Asia/Tokyo"」を追記しましょう。これを追記しないとWARNINGが出ます。
3. go-pear.phpを実行（設定）
先ほどのgo-pear.phpにアクセスして実行します。「Configuration」では、「1. Installation prefix ($prefix)」にPEARをインストールするディレクトリを指定します（Webから見えないところの方がいいでしょう）。さらに「11. php.exe path, optional (CLI command tools)」では、さくらのレンタルサーバでは「/usr/local/bin/php」なのでそのように入力します。この2点以外はデフォルトのままでよいです。
4. go-pear.phpを実行（インストール）
ページ最下部の「Install」ボタンを押せばインストールが始まり、問題なくインストールできたはずです。
5. インストールされたか確認する
シェルにログインし、コマンドラインで「pear」と実行して、コマンド一覧が返ってくればインストール成功です。
6. php.iniにパスを追加する
includeするときの指定方法の問題ですが、「2.」と同じようにphp.iniに「include_path=".:/usr/local/php/5.4/lib/php:.:/home/（ユーザー名）/（PEARをインストールしたディレクトリ）"」を追記しておくといいかもしれません。
