結論

以下の書き方だと引数で指定したファイルが見つかりません。

$ /mnt/c/Windows/notepad.exe /mnt/d/foobar.txt

引数は Windows のパス形式で書く必要があります。

$ /mnt/c/Windows/notepad.exe D:\foobar.txt

感想

そりゃそうだよな、という感想ですが、微妙にハマりました。