2023/07/01 追記
最新版 の v7 では magick コマンドを以下のように用います。
$ magick mogrify -format png *.jpg
参考（感謝）
https://news.mynavi.jp/techplus/article/natonakucommand-47/
結論（記事執筆当時）
convert コマンドだとファイル単体での変換になります。
# foo.jpg を bar.png に変換して出力する $ convert -format foo.jpg bar.png
mogrify コマンドはワイルドカードが使えるので、一括変換ができます。
# カレントディレクトリの全ての .jpg を .png に変換して出力する（拡張子を除いた名前部分は変更なし） $ mogrify -format png *.jpg
