結論

標題のとおりです。

iPad Pro 12.9インチでは、その使用スタイル上、Face ID を有効にしていると不便になり得ます。カメラから遠い位置で操作することがほとんどであるからです。

ただ、一律無効にするのではなく、重要な認証を必要とする場合には Face ID を有効にするといいのではないでしょうか。Face ID が失敗した場合には必ず何らかのパスワード認証が含まれますので、万一のときの保険にもなります。