理由
パーミッションが問答無用で 777 になるから。
解決策
2018/01/05現在、ない*1。
参考
補足
上記のように WSL 上で開発するのは危険なので、基本は SSH を使って 開発して、Rubocop のようなローカルで動かす必要があるものだけ WSL で動かすという（いびつな）形にするのが Windows ではベターなのかなとは思います。
2019/05/02 に Remote - WSL という拡張機能が公開され*2、エディタとして VS Code が使えるようになったことで大きく可能性は広がりました。しかしこの機能が備わった時点で WSL からは決別できるとも言え、クラウド側やDockerに環境を作ってVS Codeでその中に入って作業をするというのが安心かと思います*3。
