結論
gem yankコマンドを使う。以下はその例です。これでyour_gane_nameという gem の、バージョン1.2.3が取り下げられます。
$ gem yank your_gem_name -v 1.2.3
補足
上記コマンドにより全てのバージョンが取り下げられても、取り下げられたという事実は残っています*1。ですので、後から同じ名前で異なるバージョンを公開すれば、ページが復活してTOTAL DOWNLOADSなどの数値も引き継がれます。
また、取り下げられたバージョンは取り下げられたことが分かるようになります*2。完全に歴史を消去するためには冒頭のコマンドではできないと思います*3。
