macOS を（再）起動するたびに Dock の背景が濃くなって透過されない場合

結論

「アクセシビリティ」の「透明度を下げる」のチェックを外す。

原因

「Duet Display」という、iPad を Mac のセカンドディスプレイとして扱えるアプリが原因です。

duet 透明度を下げる - Google 検索