結論

--mergeオプションを使う

具体例

以下のようにridgepoleを実行したとします。

$ ridgepole -c config.yml -f Schemafile --apply

これだと、Schemafileに書かれていないテーブルについては、当該データベースからは削除されます。

現時点で存在するテーブルを生かしたままマイグレーションを行うには以下のように--mergeオプションを用います。

$ ridgepole -c config.yml -f Schemafile --merge