結論
標題で完結していますが、Visual Studio Code で絵文字*1が文字化けする場合は設定ファイルに以下のように書き込みます。なお、設定ファイルについて、デフォルト値のままであえて書く必要がない場合でも、大切な設定内容については明示的に書いておくのが私は好きです*2。
"files.autoGuessEncoding": false
この設定が true だと絵文字が化ける
"files.autoGuessEncoding": trueになっていると、絵文字が含まれていると化けます。正確には、文字コードが ISO 8859-2と判定されてしまいます。
false にすると大丈夫
"files.autoGuessEncoding": falseにすれば大丈夫です。
しかし
"files.autoGuessEncoding": true にする大きな理由（そして唯一の理由）は、ShiftJIS や EUC への対応かと思われます。しかし、2017年の今、それらのファイルの存在率を考えると、それのような場合については手動で対応することでいいのかもしれません。
