RAIDを組んでいるからなのか、ownCloudでの空き容量が正確に反映されずに大変不便な思いをしていました。あまりに不便なのでソースレベルで改変をして自前で具体的なquotaを指定することにしました。
変更するファイルは /lib/private/files/storage/local.php になります。変更する箇所は public function free_space($path) を定義している箇所です。ここの $space に代入する値に具体的な数値を入力しましょう（単位はBytes）。
自分は、$space = @disk_free_space($this->datadir . $path); をコメントアウトし、$space = 13194139533312; と設定しました（12TB）。即座にウェブにもバイナリクライアントにも反映され、大変便利にownCloudを使用しています。
