※最新の安定版では、設定画面の「アップデートセンター」からWebブラウザ経由で容易にアップデートすることができます。
最新のRC版などを入れたくなり、ownCloudをアップデートしてみました。その際に注意することですが、基本的には以下の説明に沿えば大丈夫です。
Updating ownCloud ― ownCloud Administrators Manual 5.0 documentation
http://doc.owncloud.org/server/5.0/admin_manual/maintenance/update.html
すなわち、DBを含めきちんとバックアップをとった上で(覚悟があるならここは不要ですが)、「data」と「config」のディレクトリ以外はバッサリ削除し、新しいアーカイブにあるファイルをどっさりと上書きをすればOKです。その後、パーミッションを適切に設定しましょう。
ファイル全部をまるまる上書きですとWebページが真っ白になりますので、上記手順を踏むことが肝要です。